《帝国时代3：决定版》自发售后便遇到了许多问题，比如内存泄露以及崩溃问题。虽然官方发布了补丁修复这些问题，但最近在论坛上又有许多玩家反映，游戏出现了大Bug，硬盘资料竟然被删除，这也让不少玩家抱怨起来。
不少玩家跑到《帝国时代》官方论坛反映，自己的电脑资料被删除。有玩家指出，自己想玩多人游戏时，游戏突然关闭、不让自己开启，然后他关闭了Steam再次重启，发现Steam居然无法运行了。然后他重启了电脑，发现自己桌面上所有的文件都消失了!还有玩家表示自己的整个Windows用户文件夹都被删了。有部分玩家在Steam评论里也提到，自己遭遇了硬盘资料被删除的状况。
《帝国时代3：决定版》开发团队在官网回复称：感谢玩家的回报，目前团队正在对此进行调查，并将此事视为首要任务。
